Cea mai mare modificare in Prototype 2 este faptul ca protagonistul din versiunea originala, Alex Mercer, a schimbat partile iar acum, aparent, joaca rolul personajului negativ. Noul erou este un anume sergent James Heller, un militar care si-a pierdut sotia si copilul iar acum da vina pe Mercer pentru moartea lor.
De aceasta data, jocul se imparte in trei sectiuni diferite, pe care Radical Entertainment le numeste „New York Zero” – un oras New York devastat de razboi. Zona Rosie (Red Zone) – cunoscuta anterior ca Manhattan – unde luptele sunt constante, Zona Galbena (Yellow Zone) – o zona aflata in carantina si mai populata – unde lucrurile sunt ceva mai bine, iar Zona Verde – o zona suravegheata de armata Blackwatch – sigura pentru toata lumea cu exceptia lui Heller.
Chiar imi pare rau ca Alex Mercer a trecut de cealalta parte si ca a devenit personajul negativ! Primul joc a fost unul super, reusit pentru mine din toate punctele de vedere. Sper ca acest sergent, James Heller, sa faca si el o treaba buna, la fel ca Mercer. Pai…cred ca toti asteptam acest joc, pentru a vedea daca va fi la fel, sau chiar mai bun decat primul joc.
WIIYH 
Chiar daca Prototype nu a fost prea reusit, mie mi-a placut foarte mult.Nu imi place ca Alex a ajuns un personaj negativ. Era unul dintre preferatii mei, dupa Ezio si Altair! Chiar nu imi place povestea!
Dupa mine a fost un joc super!!! Si mie imi place povestea!:))
NU a fost un joc reusit! Grafica fiind invechita, raspundea cam greu la comenzi, iar povestea umpic cam repetiriva. insa avea acel ceva care te tinea lipit de monitor! plus ca era un joc OpenWord!
Eu mi-am zis doar punctul de vedere! Am zis ca pentru mine a fost un joc foparte bun!